Ljubuški se nalazi u jugozapadnom dijelu Bosne i Hercegovine (BiH), u Zapadnohercegovačkoj županiji (ŽZH), u Federaciji Bosne i Hercegovine (FBiH), na samoj granici Bosne i Hercegovine sa Republikom Hrvatskom.
Administrativno područje grada pokriva površinu od 292,7 km².
Veći dio općine prostire se na nadmorskoj visini od 60-250 metara, a ističe se najviši planinski vrh na području općine Vrlosinj (oko 959 metara nadmorske visine) između sela Dola i Kašče.
Prostor općine Ljubuški karakterizira krški reljef s više plodnih polja: Ljubuško, Veljačko, Vitinsko, Studenačko i Rastok.
Njih natapa rijeka Trebižat, koja na području općine mijenja ime tri puta – Tihaljina, Mlade i Trebižat.
Cijelo područje općine obiluje površinskim i podzemnim vodama.
Općinu karakterizira umjerena mediteranska klima prosječne godišnje temperature od 15˚C i 3.000 sunčanih sati tijekom godine.
Umjerene zime karakteriziraju uglavnom kišne padaline, dok je snijeg vrlo rijetka pojava. U ovom području ljeta su žarka i suha, a karakteristični vjetrovi su bura i jugo.
Od vegetacije i stanišnih tipova, na višim nadmorskim visinama i kamenitoj podlozi javljaju se vrste bjelograbić, crni grab, jas, smrika, crni i primorski bor koji je kroz kultivizaciju prekrio velike površine južno od Ljubuškog i oko Klobuka.
Oko Vitine, Ljubuškog i Cerna rasprostranjene su šume endemičnog cera. Na kraškom području ljubuškog polja zabilježeni su istočno submediteranski suhi travnjaci.
Ljetni aspekt niskih mediteranskih travnjaka kod Kravica blizu Ljubuškog (Đ. Milanović)
S obzirom da kroz Ljubuški protječe rijeka Trebižat, na ovom području se nalaze salmonidne vrste riba.
U području sedrenih kaskada i slapišta (Koćuša, Bučine, Čeveljuša, Kravice, Božjak) razvila se specifična vodena vegetacija na sedri, gradeći specifičnu biljnu zajednicu mahovina i algi s busenastom travom (Polypogon viridis) koja svojim izgledom u potpunosti odgovara narodnom nazivu, čineći uz slapove dugačke zelene bradice. U podnožju slapova, u pukotinama sedre i ispod slapova u zoni udara vode, javlja se endemska vrsta Gospin vlasak (Adiantum capilus veneris) čiji opstanak i zaštita usko su vezani za očuvanje i nastanak sedre. U procesu stvaranja sedre temeljnu ulogu imaju modrozelene alge Cyanophyceae, od kojih neke vrste žive u plićim i toplijim vodama, gdje se vapnenac taloži u njihovoj strukturi.
Literaturni podaci govore da je na području Ljubuškog registrirano 24 vrste leptira.
Prema podacima Crvene liste flore u Federaciji Bosne i Hercegovine, na području Ljubuškog nalazi se više ugroženih vrsta.
Među njima su Jednogodišnji pasji jezik, Istočnjačka prosanica, Ilirski kozlinac, Napuljska ciklama, Grčka luštrika, Portenšlagova zvončika, Bršaka, Razgranjeni čepljez, Gomoljasta perunika, te Ilirska gladiola.
Na području Ljubuškog pronalazi se i čovječja ribica (Proteus anguinus Laurenti 1768) koja se nalazi na djelu Trebižata ( Mala Kravica, Božjak) i Studenčice.